เชื้อดื้อยาเกิดขึ้นเมื่อจุลชีพ โดยเฉพาะแบคทีเรีย สามารถต้านทานยาที่ใช้รักษาได้ ทำให้การติดเชื้อบางชนิดรักษาได้ยากขึ้นและอาจต้องใช้ยาที่มีความเหมาะสมเฉพาะมากขึ้น

การใช้ยาปฏิชีวนะมากเกินความจำเป็นหรือใช้ไม่เหมาะสมเป็นหนึ่งในปัจจัยสำคัญที่เร่งให้เกิดและแพร่กระจายของเชื้อดื้อยา